عضو منظمة IHH الذي نظم حملة الأسطول البحري إلى غزة عام 2010، والتي قتل خلالها تسعة من نشطاء المنظمة بنيران إسرائيلية، متهم بالتعاون مع القاعدة. ألقي القبض عليه خلال مداهمة الشرطة أحد المخازن على الحدود السورية ـ التركية وتم توقيفه بتهمة علاقته بشبكة الإرهاب العالمية.

صرحت وكالة الأنباء التركية "دوان" أن مداهمات الشرطة كانت في إسطنبول وخمس مدن أخرى، وتم خلالها إلقاء القبض على متهمين كبار تابعين للقاعدة. أكدت جهات في منظمة IHH أنه تم اقتحام وتفتيش مخزن بالقرب من الحدود السورية، وتم توقيف أحد أعضاء المنظمة. رغم ذلك، نفت المنظمة أي علاقة لها بالشبكة الإرهابية العالمية واحتجت على مداهمة الشرطة، مدعية أن تلك ليست إلا محاولة لتشويه سمعة منظمة الإغاثة الإنسانية.

رغم أنه تم في إسرائيل تعريف أسطول السفن التركية على أنها حادثة إرهابية وتم الإعلان عن الـ IHH أنها منظمة ليست قانونية، إلا أنه كانت هناك صعوبة بالربط بشكل واضح بين الـ IHH وبين منظمات إرهابية أخرى. غير أن، أجهزة استخبارات غربية تربط بين المنظمة وبين مخطط لهجوم على مطار لوس أنجلوس في ليلة رأس السنة عام 2000، وحتى أنها تدعي أن هنالك أدلة تثبت العلاقة بين المنظمة وأعضاء من القاعدة في إيطاليا وعلاقات أيضًا مع جهاديين جزائريين نشطوا في أوروبا.

صرح قاضي التحقيق الفرنسي جان لويس بروجير، الذي يشغل منصب ممثل الاتحاد الأوروبي في الولايات المتحدة لمحاربة تمويل الإرهاب، في مقابلة مع صحيفة "هآرتس" أنه على ثقة أن المبادرين لتنظيم الأسطول التركي هم إرهابيون. توصلت في عام 1996 إلى نتيجة وهي أن الـ IHH هي منظمة إرهابية، وليست منظمة إنسانية، قال بروجير، مضيفًا أن المنظمة لديها شبكة لتمرير الأموال تمتد من البوسنة وحتى أفغانستان. عام 2012، تم التحقيق مع رئيس المنظمة لوجود شك أنه قام بتحويل أموال للقاعدة. كانت الادعاءات أنه فعل ذلك من خلال أجهزة المنظمة.