تثير قضية أنفاق غزة صراعا في القيادات العليا الحاكمة في إسرائيل:  تقول مصادر إن الوزير نفتالي بينيت طالب في الاجتماع الأخير للمجلس الوزاري المصغر للشؤون الأمنية والسياسية تنفيذ عملية هجومية ضد أنفاق حماس التي حُفرت ووصلت إلى  إسرائيل، قبل فوات الأوان، وقبل أن تخترق حماس عن طريقها البلدات الإسرائيلية وتُنفذ هجوما. وقد كان حديث بينيت علنا ​​ ودعا إلى اتخاذ إجراءات فورية.

نشب إثر تصريحات  بينيت في المجلس الوزاري المصغر خلاف، وقد عارض رئيس الحكومة الإسرائيلي بنيامين نتنياهو ووزير الدفاع موشيه يعلون، أقواله بشدة، ودعم ممثلو الجيش والشاباك موقفهما. وادعى مقربون منهما أن  بينيت يستغل الوضع لكسب شعبية الناس وتعاطفهم، ولجذب الناخبين من حزب الليكود، وهو حزب كلاهما.

وتجدر الإشارة إلى أنه منذ انهيار نفق حماس وخطاب هنية، الذي أوضح  فيه تماما أن حماس استأنفت مشروع الأنفاق، هناك الكثير من التوتر في إسرائيل، ولا سيما،  في البلدات القريبة من قطاع غزة، وتعالت الكثير من الأصوات من أجل العمل ضد الأنفاق.

رد مكتب رئيس الوزراء بشدة على الأمور: "نحن لا نتطرق إلى مناقشات مجلس الوزراء عامة وإلى خطط الجيش الإسرائيلي بشكل خاص. من الجدير أن يظهر كل الوزراء المسؤولية وألا يحاولوا جمع أصوات من البيانات السياسية السطحية، والتي لا تعكس المناقشات العميقة والمسؤولة لمجلس الوزراء". على الرغم من ذلك لم يرد ردا من مكتب بينيت.

كما واتهمت مصادر مقربة من الوزير يعلون الوزير بينيت قائلة إن تصريحاته "صبيانية، متهورة، وتنقصها المسؤولية"، مضيفة أن "ظاهرة الوزراء المستعدين إلى جر إسرائيل إلى حرب لأسباب سياسية ساخرة، تهدد أمن إسرائيل".

وفي الفترة الأخيرة، هناك توتر واضح بين بينيت وبين رئيس الحكومة  نتنياهو ومقربيه. في كلمة ألقاها بينيت في معهد دراسات الأمن القومي اتهم فيها نتنياهو قائلا إن الحكومة في حالة من "التجمد الذهني"، مما أثار غضبا لدى مقربي رئيس الحكومة ووزير الدفاع اللذين لقبا بينيت باسم  "متحدث المعارضة" الذي يستغل الوضع لزيادة المكسب السياسي.